Im folgenden sind die wichtigsten Schritte der Ninhydrin-Reaktion abgebildet. Die Reaktion wird hier exemplarisch mit einer Aminosäure als Reaktionspartner dargestellt, weiterhin wird Ninhydrin-Reagenz benötigt. Mit Blick auf die Reaktion ist zu beachten, dass Ninhydrin aber auch die Aminosäure eigenen Gleichgewichtsreaktionen unterworfen sind.

Das Gleichgewicht zwischen Ninhydrin und seinem Hydrat bzw. die Zwitterionenstruktur der Aminosäure sind im folgenden kurz dargestellt:

Die erste fassbare Zwischenstufe nach erfolgter Wasserabspaltung und Decarboxylierung stellt das Aminoketon dar, welches in einem zweiten Reaktionsschritt mit einem weiteren Molekül Ninhydrin reagiert. Um diesen Vorgang zeitlich zu beschleunigen, muss die Temperatur gesteigert werden. Hierbei entsteht die charakteristische blauviolette Färbung, die auch "Ruhemannsches Purpur" genannt wird.

Peptide werden aus a-Aminosäuren aufgebaut. Ihre Synthese ist von großer Bedeutung und mit einigen Schwierigkeiten verbunden. Ein Arbeiten mit Schutzgruppen und Aktivierungsreagentien ist unumgänglich. Ein wichtiges Verfahren, bei dem auch die Ninhydrin-Reaktion eine Rolle spielt, ist die Synthese an der festen Phase.

Hierbei wird die erste Aminosäure an ein Harz (in den folgenden Gleichungen als R gekennzeichnet) geknüpft (Merrifield-Technik). Diese Bindung wird erst nach vollständig abgeschlossener Synthese durch Verseifung gelöst. Durch diese Verankerung wird der Gesamtprozess automatisierbar, so dass eine Großproduktion von Peptiden möglich ist.

Die Aminogruppe der zweiten Aminosäure muss geschützt werden. Eine Möglichkeit hierfür ist die Fmoc-Schutzgruppe (Fluoren-9-ylmethoxycarbonyl). Das bei der Kondensationsreaktion entstehende Wasser wird durch Dicyclohexylcarbodiimid (DCC) abgefangen.

Gemäß diesen Vorgaben ist im folgenden die Synthese eines Dipeptids dargestellt:

Für die Peptidsynthese ist es außerordentlich wichtig, den Reaktionsverlauf zu kontrollieren. Der Umsatz muss nahezu quantitativ verlaufen. Zur Überprüfung zieht man eine kleine Probe aus dem Reaktionsgemisch und führt den Kaiser-Test durch.

Hauptbestandteil dieses Tests ist die Ninhydrin-Reaktion: